南河總督是清代設(shè)在清江浦（今江蘇省淮安市）的高級(jí)官員，全名為江南河道總督，品級(jí)為從一品或正二品，負(fù)責(zé)江蘇河道的疏浚及堤防。

清初只在山東濟(jì)寧設(shè)河道總督。1677年（丁巳年）（康熙十六年），靳輔出任總河，因總河署距黃淮運(yùn)交匯處、河工最重要處淮安路途遙遠(yuǎn)，往返不便，為便于及時(shí)掌握水情河勢(shì)，就近指揮，于是在清江浦原戶部分司舊衙署設(shè)立行館。雍正七年(1729年)，正式分設(shè)江南河道總督(簡(jiǎn)稱南河總督)，駐節(jié)清江浦；以及河南、山東河道總督（東河總督），駐濟(jì)寧。次年又增設(shè)直隸河道總督（北河總督），歸直隸總督兼領(lǐng)。時(shí)南河總督轄有4道、24廳、24營(yíng)，河督署規(guī)模龐大。歷任河督中，政績(jī)比較顯著的有張鵬翮、徐端、黎世序等。 　 清初，朝廷每年撥給南河河工修防銀達(dá)450萬兩之巨，決口漫溢時(shí)還另有支撥。同時(shí)，南河總督署官員肆意貪黷、降低工程標(biāo)準(zhǔn)，中飽私囊的情況，在當(dāng)時(shí)就為輿論譴責(zé)。

南河總督及下屬官員駐扎的清江浦，繁榮也達(dá)到鼎盛，上下十?dāng)?shù)里長(zhǎng)街，各種店鋪、酒樓、茶社、浴室鱗次櫛比，上百家青樓妓院日夜歌舞，風(fēng)氣奢侈。

1855年（太平天國(guó)戰(zhàn)爭(zhēng)期間），黃河北徙。1860年，前來奪取糧倉的捻軍攻破清江浦，燒毀南河總督署和整個(gè)城市。次年，南河總督被裁撤。

今天，南河總督署的花園—清晏園已被修復(fù)，位于淮安市清浦區(qū)人民南路。